En Amérique, le culte à sainte Anne est arrivé en même temps que les colons. En effet, nos ancêtres venaient principalement de Paris et des régions du Nord-Ouest de la France, régions où le culte à la Bonne Sainte était déjà fort développé. De ces régions il y avait déjà deux lieux de pèlerinage. Le premier était à Auray, en Bretagne, qui devint un célèbre pèlerinage à cause des apparitions de sainte Anne à Nicolazic (1624 - 1625) et le second à Paris. Il s’est développé grâce à l’influence de la reine Anne d’Autriche qui attribuait la naissance de son fils Louis XIV à sainte Anne.
Grâce aux missionnaires Jésuites, la dévotion à sainte Anne fit partie intégrante de la colonisation française en Amérique du Nord. À Québec, le 24 septembre 1647, on commence la construction de l’église paroissiale. Dans cette église, une chapelle est dédiée à sainte Anne. Plus tard, en 1658, à Sainte-Anne de Beaupré, qui s’appelait alors Petit-Cap, on commence la construction d’une petite église dédiée à sainte Anne, pour satisfaire la dévotion des matelots, probablement à la suite d’un vœu.
En 1661, on construit une deuxième église, plus vaste et à l’abri des marées. Le 22 août de cette même année, monseigneur de Laval charge l’abbé Thomas Morel du ministère de la côte de Beaupré. C’est dans cette église que nous déposons la statue miraculeuse probablement apportée par Monseigneur de Laval. Une longue série de miracles allait alors commencer.
Le 3 décembre 1667, Mgr de Laval décrète la fête de sainte Anne, le 26 juillet, d’obligation pour toute la Nouvelle-France. En 1668, il obtient du chapitre de Carcassonne une première relique, une partie de l’os d’un doigt de la mère de la Vierge. Le 10 mars 1670, cette relique est exposée solennellement à la vénération publique.
Le premier pèlerinage organisé fut fait par les Hurons de la Côte Saint-Michel (aujourd’hui l’arrondissement Sainte-Foy) en 1671 sous la conduite du Père Chaumonot. Les amérindiens venaient de partout pour
honorer sainte Anne, qu’ils appelaient la Bonne Grand-Mère. Plusieurs se rendaient à genoux des bords de la grève jusqu’à l’église.
(Extraits du Manuel du pèlerin à la bonne sainte Anne de Beaupré de l’abbé David Gosselin, 1859)
En 1680, François de Laval voit dans le Sanctuaire de Sainte-Anne un signe providentiel de communion entre les premières nations déjà établies dans ce pays depuis des millénaires et les premiers colons venus d’Europe.
Rien ne nous a aidé plus efficacement à soutenir le poids de la charge pastorale de cette église naissante que la dévotion spéciale que portent à sainte Anne tous les habitants de ce pays, dévotion qui, nous l’assurons avec certitude, les distingue de tous les autres peuples. L’Église de Nouvelle-France est merveilleuse de vie. C’est un miracle qu’elle n’ait pas péri au berceau, et ce miracle je l’attribue à la protection de sainte Anne. Nous déclarons que la grande sainte nous a puissamment aidé dans l’exercice de notre charge ». (1667)